在海拔251公尺的御本宮,創建於何時已經不可考,不過目前可以查到西元1001年一條天皇命令藤原實秋改建社殿的記載。5百多年後的天正年間,又經過長曾我部元親的再次修建,以及松平賴重的改建。1878年重建現在的本殿。從御本宮前廣場的展望台可以一望在讚岐平原彼方的瀨戶大橋與讚岐富士等。
雖然金刀比羅宮的信者來自日本各地且涵括各種行業。但在19世紀中期以後尤其受到漁民、船員、海軍等從事海上交通工作者的崇敬,被視為是海上的守護神,因此在本宮的繪馬殿裡就掛了許多祈求海上安全的繪馬。除此外,每年都會在此舉行戰前帝國海軍的慰靈祭、以及韓戰日本特別掃海隊的殉職者慰靈祭。