陣屋,是江戶時代3萬石以下的藩主設置處理藩內事務的房子、或者是主掌直轄領政務的代官居住的宿舍兼辦公的地方。而高山陣屋,原本是飛驒高山藩主金森氏的別墅,在1692年幕府將飛驒改成直轄領以後,將之加以整備以做為代官所使用。明治維新以後,改為岐阜縣高山支廳的廳舍。早在1929年就被指定為國家一級古蹟。然而在此之後,仍然被當作各種公共機關的事務所來使用。
在江戶幕府末年,全日本還有六十多個代官所,但是如今高山陣屋是日本唯一建築物仍存在的代官所。在1969年飛驒縣事務所搬走之後,岐阜縣教育委員會便朝將高山陣屋永久保存的方向開始努力。終於在1996年3月,歷時16年、斥資約20億日圓,根據西元1830年的繪圖為基準,將藏番長屋、郡代役宅、奧座敷等等,幾乎復原到江戶時代的狀態。目前高山陣屋不但對外公開展示,裡面還有許多的江戶時代歷史資料。每天早上在正門前方都有陣屋朝市,跟宮川朝市兩者為高山兩大朝市。