三千院,位於京都大原,隸屬於天台宗,也被稱為「三千院門跡」。所謂的「門跡」,指的是由皇族、貴族公卿擔任住持的特定寺院。由於大原地處山中,所以過去是貴人或是佛教修行者隱居之地。三千院的山號為「魚山」,開山祖師則是最澄,奉祀的本尊是藥師如來,跟青蓮院、妙法院是天台宗的三座門跡寺院之一。
在八世紀時,傳教大師最澄一開始在比叡山東塔南谷的大梨木旁建立了圓融房(「梨本門跡」之名即來自於此)。後來承雲和尚建立了伽藍命名為圓融院,並在裡面供奉了最澄大師親手刻的藥師如來像。承雲還在比叡山東麓東坂本的梶井設立了圓融院的里坊,以做為寺僧下山時的居住之所。
西元1083年搬到梶井里,改名為圓德院,後來因為地名的緣故,寺名又變成「梶井宮」。到了1118年,堀河天皇的第三皇子最雲法親王入寺修行,這是皇室子弟入寺之肇始,1130年最雲法親王成為第14世梶井門跡。之後歷代的住持皆由皇室或攝政家的子弟擔任。鎌倉時代後期南朝的代表人物護良親王也曾經在此擔任過住持。
最雲法親王後來在1156年被任命為天台座主(天台宗最高地位)。在他擔任座主的當年,在比叡山西麓的大原設置了梶井門跡的政所。這是為了管束住在大原的念佛修行者,並管理大原當地原本就已經存在的來迎院、勝林院等寺院。而位於坂本的梶井門跡後來則因為火災而搬到了京都市內,輾轉於洛中、東山各地。
到了1331年遷移到洛北船岡山東麓,但偏又在應仁之亂中付之一炬,便以大原的政所為本坊。然而,到了江戶時代的元祿年間,將軍德川綱吉將京都御所周邊的公家町附近,給了當時的門跡入道慈胤親王做為寺地,之後梶井門跡就一直位於公家町的一角。
直到明治維新之際,當時的門跡昌仁法親王還俗,另起新公家梨本宮家,便將收藏在公家町寺院內的佛像、佛具類都送到大原的政所。明治4年(1871年),大原的政所正式定為本坊,改稱為「三千院」或「三千院門跡」。這是因為梶井門跡的持佛堂的堂名為「一念三千院」的緣故。
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